Die Viren werden von Mensch zu Mensch über den direkten Kontakt mit infizierten Haut- bzw. Schleimhautbereichen übertragen. Die Viren können dann über kleinste Verletzungen in die Zellen der Haut oder Schleimhaut eindringen und diese infizieren. Eine Erkrankung kann also folglich an unterschiedlichen Stellen am Körper auftreten (z.B. Anus, Schamlippen, Scheide, Gebärmutterhals, Penis sowie im Mund- und Rachenraum).
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HPV-bedingte Erkrankungen treten bei Männern und Frauen unterschiedlich häufig auf. Männer entwickeln zum Beispiel öfter HPV-bedingten Krebs in der Kopf-Hals-Gegend, und Frauen werden öfter mit HPV-bedingtem Krebs an Gebärmutterhals, Vulva oder Vagina diagnostiziert. Genitalwarzen kommen bei Männern und Frauen etwa gleich häufig vor.